1. Padoms: Akvareļa pildspalvas gals parasti ir apaļš, savukārt marķiera pildspalvas gals ir plakans, kas ir sadalīts šķiedras tipa uzgalī un putu tipa uzgalī.
2. Tinte: Marķieri ir uz ūdens bāzes, uz eļļas bāzes un uz spirta bāzes, savukārt akvareļu pildspalvām ir tikai viens ūdens bāzes veids.
3. Krāsošana: Akvareļu pildspalvas nevar sakraut krāsas, bet marķieri var sakraut krāsas. Marķierus ir vieglāk krāsot nekā akvareļu pildspalvas.
4. Lietošana: Akvareļu pildspalvas priekšrocība ir tā, ka tajā ir pietiekami daudz ūdens, krāsa ir bagāta un spilgta, un trūkums ir tas, ka ūdens ir nevienmērīgs, pāreja ir nedabiska un abas krāsas nav viegli saskaņot kopā, tāpēc tas parasti ir piemērots bērnu gleznām, un to var izmantot arī kā marķieri.
Marķiera priekšrocība ir tā, ka ūdens ir viendabīgs, un trūkums ir tas, ka krāsu kontrasts ir vājāks, bet abus var labi saskaņot kopā un var zīmēt arhitektūras un rūpnieciskā dizaina apmetumus.
